სსიპ-სამცხე-ჯავახეთის სახელმწიფო უნივერსიტეტის ხედვაა არსებული გარემოსა და შესაძლებლობების გათვალისწინებით, ძალისხმევისა და რესურსების კონცენტრირებით 2025 წლისათვის საქართველოს და უახლოესი მეზობელი ქვეყნების უნივერსიტეტებთან მჭიდრო აკადემიური, სამეცნიერო კონტაქტების საფუძველზე და ევროპის პარტნიორ უნივერსიტეტებთან ინტერნაციონალიზაციის პროცესის გაძლიერების გზით შექმნას კონკურენტუნარიანი ახალი ცოდნა; განავითაროს განათლების, სოფლის მეურნეობის (აგრარული, ვეტერინარული) დარგები, ჰუმანიტარული და სოციალური მეცნიერებანი. უზრუნველყოს რეგიონი იურიდიული, საჯარო მმართველობის, თანამედროვე კომპიუტერული ტექნოლოგიების, ბიზნესის ადმინისტრირებისა და ეკონომიკური განათლებით შეიარაღებული კადრებით.
სამცხე-ჯავახეთის სახელმწიფო უნივერსიტეტი არის მხარის უპირველესი უმაღლესი დაწესებულება – ივ. ჯავახიშვილის სახელობის თბილისის სახელმწიფო უნივერსიტეტის 1990 წელს დაარსებული ახალციხის ფილიალისა და 2002 წელს დაარსებული ჯავახეთის ფილიალის სამართალმემკვიდრე.
იგი აგრძელებს ისტორიული მესხეთის (ტაო-კლარჯეთის) უძველესი საგანმანათლებლო ცენტრების ეროვნულ-იდეურ მემკვიდრეობას თანამედროვე საუნივერსიტეტო ტრადიციების შექმნისა და ჩამოყალიბების საშუალებით.
სამცხე-ჯავახეთის სახელმწიფო უნივერსიტეტის მისიაა უმაღლესი და პროფესიული განათლების თანაარსებობით, სწავლებისა და კვლევის გზით, წვლილი შეიტანოს საზოგადოების განვითარებაში;
უზრუნველყოს ტრადიციულ და ინოვაციურ მეთოდებზე დაფუძნებული კვლევები, შრომის ბაზარზე ორიენტირებული მაღალი ხარისხის აკადემიური ცოდნა უმაღლესი განათლების სამივე საფეხურზე, პროფესიულ განათლებასა და მთელი ცხოვრების მანძილზე;
დაეყრდნოს სამცხე-ჯავახეთის განვითარების პრიორიტეტებს, ხელი შეუწყოს არაქართულენოვანი მოსახლეობის ინტეგრირებას ქართულ საზოგადოებაში;
აღზარდოს მაღალზნეობრივი, დემოკრატიული და ჰუმანური სულისკვეთებით გამსჭვალული თაობები, რაც განაპირობებს ენის, კულტურის, ინტელექტის განვითარების უწყვეტობასა და უმაღლესი განათლების ერთიან ევროპულ სივრცესთან შერწყმას.
უნივერსიტეტის ფუნქციონირების საფუძველსა და მამოძრავებელ ძალას წარმოადგენს სამი მთავარი ღირებულება:
. თავისუფლება,
. ეროვნულობა,
. ტოლერანტობა.
სამცხე-ჯავახეთის სახელმწიფო უნივერსიტეტის მისია შემუშავებულია 30-წლიანი არსებობის მანძილზე დაგროვილი გამოცდილებისა და საერთაშორისო ურთიერთობების საფუძველზე.