სამცხე-ჯავახეთის სახელმწიფო უნივერსიტეტი მხარს უჭერს ევროპული განათლებისა და კვალიფიკაციის დანერგვის ინიციატივებსა და ღონისძიებებს. აქტიურად მონაწილეობს ბოლონიის პროცესში და ხელმძღვანელობს ევროპული უნივერსიტეტების შესახებ დიდი ქარტიის პრინციპით. აქედან გამომდინარე, უნივერსიტეტის მისიაა:
-საკაცობრიო და ეროვნული ღირებულებების დაცვისა და განმტკიცების საფუძველზე პროფესიულად განსწავლული, მაღალზნეობრივი, კვალიფიციური სპეციალისტების აღზრდა;
-მეცნიერების ფუნდამენტური საკითხების კვლევებით, სწავლებისა და კვლევის თანამედროვე მეთოდების დანერგვით, ხარისხის მართვის ეფექტური სისტემის გამოყენებით, მუდმივ განახლებაზე ორიენტირებული საგანმანათლებლო პროგრამების საფუძველზე საქართველოს მუდმივად ცვალებადი შრომითი ბაზრისათვის კონკურენტუნარიანი კონტიგენტის მომზადება;
– სტუდენტების, მასწავლებლების და პროფესორებისათვის მიმზიდველი გარემოს შექმნა, რაც პირველ რიგში გულისხმობს სრულ აკადემიურ თავისუფლებას: სტუდენტები და პროფესორ-მასწავლებლები თავისუფალი არიან საკუთარ არჩევანში, შეუძლიათ აირჩიონ სწავლისა და კვლევის სფეროები და მიმართულებები. ასევე თავისუფალი არიან, აირჩიონ უნივერსიტეტის მართვის ნებისმიერი ფორმა, რომელიც სრულყოფილად უზრუნველყოფს სამცხე-ჯავახეთის სახელმწიფო უნივერსიტეტის (შემდგომში უნივერსიტეტის) მიზნებისა და ამოცანების განხორციელებას;
უნივერსიტეტის სტრატეგიის მთავარი ორიენტირია:
– საქართველოს და სამცხე–ჯავახეთის რეგიონის პრობლემატიკის კვლევები.
-რეგიონის არაქართულენოვანი მოსახლეობის ქართულ საზოგადოებაში ინტეგრირების ხელშეწყობა.